山东中医药大学原名山东中医学院，创建于1958年，1978年被列为全国重点建设的中医院校，1981年成为山东省重点高校，1996年更名为山东中医药大学，2007年由济南市历下区主体迁至长清大学科技园。

学校设13个二级学院，有中医学七年制、中医学、中西医临床医学、针灸推拿学、康复治疗学、护理学、眼视光学、营养学、应用心理学、中药学、中草药栽培与鉴定、药学、制药工程、生物医学工程、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、市场营销、英语、法学、运动人体科学、社会体育学等21个本科专业，涉及医、理、文、工、管等学科门类。有中医学、中药学、中西医结合3个博士学位授权一级学科，15个博士点；中医学、中药学、中西医结合、药学、生物医学工程5个硕士学位授权一级学科，26个硕士点；拥有临床医学专业博士和硕士学位授予权。

设有中医文献、天然药物等4个研究所，6个研究室。有中医基础理论、中医医史文献2个国家重点学科、中医内科学1个国家重点(培育)学科，中医药经典理论实验室为教育部重点实验室；有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站；有周围血管病、老年病2个国家中医药管理局重点专科，细胞生物学、中药质量分析等4个国家中医药管理局三级实验室；有6个“泰山学者”岗位学科，山东省工程技术研究中心3个，山东省人文社科研究基地1个，山东省重点学科、重点实验室13个，省部级重点专科10个。

现有教职医护员工3325人，校本部1013人，博士生导师59人，硕士生导师288人。目前，全日制在校生13236人，其中本专科生11255人，研究生1623人。有国家“973”项目首席科学家1人，享受国务院特殊津贴44人，省部级有突出贡献的中青年专家9人，入选教育部新世纪优秀人才支持计划3人，山东省“泰山学者”特聘教授6人，山东省教学名师2人，山东省有突出贡献的名老中医药专家6人，山东省名中医药专家45人，36人入选山东省千名知名技术专家，7人被评为山东省卫生系统杰出学科带头人和中青年重点科技人才，4人获霍英东教育基金会青年教师基金奖。

学校总占地1829亩，建筑面积50.4万平方米，仪器设备总值7816万元，馆藏纸质图书98万册、电子图书47万册，有配置完善的计算机校园网和现代教育技术设施。有2所直属附属医院，8所非直属附属医院，23所教学医院，50处临床教学基地。