牡丹江医学院创建于1958年，著名史学家郭沫若先生为学院题写了院名。1997年6月，学院通过了原国家教委本科教学评价，成为全国首批本科教学评价合格院校。

现有全日制在校本、专科学生7284人。设有临床医学、医学影像学、麻醉学、医学检验、护理学、制药工程、公共事业管理、药学八个本科专业和临床医学、护理学、制药工程、市场营销、信息管理与信息系统五个专科专业，其中医学影像学、医学检验、护理学专业是省级重点专业。本科招生面向河南、山东、湖南、湖北、天津、浙江等全国17个省、自治区、直辖市，已与吉林大学、佳木斯大学联合培养人体解剖学与组织胚胎学、生理学、病理学与病理生理学、心血管内科、影像医学与核医学等学科的硕士研究生。2006年已获准独立招收、培养上述学科硕士研究生。

全院教职工2267人，其中教师1525人，院本部专任教师499人，其中具有副高级以上职称192人，硕士生导师30人，国家级有突出贡献中青年专家1人。享受国家级、省级政府特殊津贴者9人，14人担任国家级学会理事，5人担任省级学会理事长。

学院占地面积72.5万平方米，建筑面积30.5万平方米，图书馆藏书75万册，教学、科研、医疗仪器设备总值1.35亿元，学院固定资产总值3.5亿元。

学院设有黑龙江省普通高校医学与药物开发重点建设实验室。该实验室是黑龙江省东南部地区高校唯一的省重点建设实验室，是本地区医学与药物开发研究的实验基地。学院还设有抗衰老研究所、血液病研究所、中西医结合研究所、生物自保护研究所等科研机构。

学院有12所附属医院，总床位数7274张。其中直属附属医院两所，床位1085张。红旗医院是一所有700张床位的三级甲等医院和“全国百姓放心医院”，是黑龙江省东南部地区规模最大、技术力量最强的医院，也是本地区的医疗中心。原牡丹江铁路医院划归学院作直属附属医院，更名为牡丹江医学院第二附属医院。教学医院、实习医院36所，总床位13500张。

学院突出素质教育，注重学生实践和动手能力的培养及外语、计算机技能的培训，学生综合素质明显提高，受到用人单位的欢迎，得到了社会的广泛认可。学院毕业生一次就业率一直保持较高的水平，毕业生一次就业率和年度就业率连续三年列全省高校第五位，省教育厅已通过黑龙江日报、黑龙江电视台等新闻媒体向社会公布了这一信息。

近年来，全院教师出版专著180部，在国家级杂志发表论文293篇，参与国家级课题2项，承担省级课题22项。根据《中国青年报》刊登的全国619所本科高校科技创新能力排序，我院列在第250位。

学院与日本金泽医科大学、悉尼大学、海参崴国立医科大学、吉尔吉斯斯坦国立医科大学等院校建立了友好协作关系。

多年来，学院坚持“为农村办学，为基层服务”的办学方向，曾受到中共中央书记处、教育部、卫生部的高度评价，1989年获国家级优秀教学成果特等奖。

建院以来，学院培养各级各类医学药学毕业生2万余人，为我省和全国医疗卫生事业的发展做出了重要贡献。