南京中医药大学始建于1954年10月15日，初名江苏省中医进修学校，后经江苏省中医学校扩建为南京中医学院，1995年经国家教育部批准正式更名为南京中医药大学，发展至今已历经了半个世纪的岁月洗礼，是全国建校最早的高等中医药院校之一。

建校之初，学校为落实毛泽东同志提出的“中医药学是一个伟大的宝库，应当努力挖掘加以提高”和当时国家的卫生工作方针，在浩如烟海的古籍中积极挖掘、整理和编写了新中国高等中医教育第一套教材和教学大纲，培养和输送了以董建华、程莘农为代表的第一批师资，接受并培养了第一批外国中医留学生，诞生了承淡安、叶橘泉等一批新中国中医药界最早的学部委员，为新中国现代中医高等教育模式的确立和推广做出了重要贡献，被誉为“高等中医教育的摇篮”。

学校坐落在历史悠久、山清水秀、人文荟萃的古都南京，拥有汉中门和仙林两大校区。学校现设有基础医学院、药学院、第一临床医学院、第二临床医学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、高等职业技术学院、心理系、人文社会科学部、成人教育学院和国际教育学院(港澳台培训中心)等12所直属学院(系)；有省级教学实验示范中心6个，其中4个为建设点；有江苏省中医院、江苏省第二中医院、南京市中医院等共18所附属医院，以及中西医结合临床医学院(南京市鼓楼医院、无锡市中西医结合医院)2所；有教学医院15所，教学及毕业实习基地100多个，形成了万人大学的规模。学校拥有18个本科专业，涵盖医、管、理、工、经、文等多个学科门类，拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，22个博士点、29个硕士点，博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，初步形成了以中医药为主体，中西医结合，多学科互为支撑、协调发展的办学格局，建成中医内科学、中医外科学等27门省级优秀课程，温病学、中医儿科学被列入国家精品课程，大批特色专业和品牌专业不断涌现，综合办学实力稳步发展。学校拥有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权；是国务院学位办、教育部、卫生部、国家中医药管理局授予的临床医学博士、硕士专业学位试点单位，具有在职人员申请硕士学位的授予权。2006年4月，南京中医药大学凭着鲜明的办学特色、雄厚的办学实力和突出的办学成就，在教育部本科教学工作水平评估中被评为优秀，实现了学校本科教学水平一次真正意义上的国家级质量认证。

学校科研实力雄厚，是江苏省海洋药物研究开发中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省中药质量控制技术研究中心的挂靠单位，拥有3个国家级重点学科、省部级重点学科14个，国家科技部规范化中药药理实验室1个、国家中医药管理局三级实验室3个和江苏省重点实验室4个。近年来，科研成果硕果累累，一批科研成果分别荣获厅局级、国家级、省部级奖励。《南京中医药大学学报》是国际连续出版物、中国科技论文统计源刊、中国科技核心期刊、中国医学核心期刊、江苏省优秀期刊和江苏省一级期刊。学校图书馆是中国中医药文献检索中心分中心。由学校牵头编撰并担任总审定的《中华本草》，是对中医药几千年发展成就的系统总结，被李鹏同志誉为“当代《本草纲目》”。近年来，学校大批科技成果转化为现实生产力，为国家和地方经济发展做出了重要贡献，受到前来学校视察的党和国家以及有关部、省级领导人的充分肯定。

南京中医药大学治学严谨，学术氛围浓厚。半个世纪以来，名家云集、人才辈出，涌现了一批又一批蜚声海内外的专家、学者和教授，他们作为一代儒医大家和高等中医药教育专家，一代代名师薪火相传，名师云集蔚然成景。近年来，我校先后有多名教师荣获“国家级教学名师”、“全国模范教师”、“全国先进工作者”、“全国师德先进个人”、“国家级突出贡献中青年专家”等多项国家级荣誉称号，多人被列为国家人事部“‘百千万'人才工程”培养对象，45人先后享受政府特殊津贴，数十人被评为“江苏省名中医”、“江苏省中西医结合专家”、“江苏省有突出贡献中青年专家”等荣誉称号，百余人先后进入江苏省“333工程”和“青蓝工程”等人才培养梯队，为我校名师园地再添新锦。

学校学风浓郁，近三年毕业生大学英语四级考试通过率持续超过80%，六级考试通过率达到30%左右，医学类毕业综合测定(含毕业论文)成绩优良率超过80%，非医类学生毕业设计(论文)成绩优良率超过75%。在“挑战杯”、“创业计划大赛”等各类竞赛中屡获佳绩。就业形势稳步发展，大批毕业生已经成为国内外各级各类医疗机构、科研院所、医药院校、政府机构和著名企事业单位的中坚骨干。

南京中医药大学自建校之初就开展外国留学生教育，在校留学生数一直位居江苏省内各高校前列。1994年与澳大利亚墨尔本皇家理工大学合作开办中医学专业，首开我国与西方正规大学合作举办中医学学历教育之先河。目前学校与世界五大洲90多个国家和地区有着广泛的交流，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系。学校每年都有大批专家、学者应邀赴境外讲学、考察和进行科学研究，通过国际交流，弘扬中医药事业，扩大中医药在国际上的影响。美国唐氏工业基金会及香港朱敬文教育基金会在学校设立了奖、助学金，资助中医药高等教育。香港念慈庵奖教金及美国施祖谷奖教金也先后在我校建立。学校同时也是世界卫生组织(WHO)传统医学合作中心；是国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、临床药理基地、中国中医文献检索中心分中心；是国家教育部确定的国家基础学科理科人才培养与科学研究基地、首批获准接受和培养留学生及台湾地区学生的中医药高等院校之一。

经过“十五”期间的建设与发展，我校办学结构和办学规模取得了阶段性重大进展，办学活力显著增强，综合办学实力明显提升。面向“十一五”，我校将继续传承并进一步升华五十年办学优良传统和作风，不断坚定既定办学定位与发展目标，大力实施创新创优战略、质量立校战略、科学主体战略、科技兴校战略、人才强校战略、国际合作战略及社会服务战略，进一步深化内涵建设，着力提升办学质量，通过办学规模、结构、质量、效益协调发展，努力使我校成为具有研究教学型特质的“国际著名，国内一流”中医药大学，努力跻身全国具有特色的重点大学行列。