上海第二医科大学(原名上海第二医学院)由圣约翰大学医学院(1896-1952)、震旦大学医学院(1911-1952)、同德医学院(1918-1952)于1952年全国高等学校院系调整时合并而成。1997年学校通过了“211工程”正式立项，是国家重点建设的“211工程”大学之一。2002年又通过了“211工程”“九五”项目验收和“十五”建设项目论证。
学校现有教职医护员工12400人，其中专业技术人员10168名，具有高级职称的在职人员1340名。目前在校生5700多名，其中博士生和硕士生千余名，占全校学生总数的23%，建校以来已培养毕业生25000余名。
学校有13个学院；1个校直属系(部)；1所全国重点卫生学校；5所综合性附属医院；1所专科性附属医院，15所教学医院，126个教研室。有2个七年制专业，6个本科专业，6个三年制高职高专专业，有博士后流动站3个，二级学科博士点31个，硕士点47个。
学校共有74个学科，其中国家级重点学科6个，上海市重点学科7个(其中“重中之重”学科2个)，上海市教委重点学科22个，上海市医学领先专业9个，设有15个市级研究所，3个研究(培训)中心，2个世界卫生组织合作中心，1个国家重点实验室，1个教育部重点实验室，3个卫生部重点实验室和1个市属高校开放实验室。
学校拥有一批国内外著名的医学专家和学者，其中包括中国科学院院士1人，中国工程院院士6人；首席科学家3人；长江学者计划特聘教授4人；获国家劳动人事部授予有突出贡献中青年科技专家称号的10人；享受国务院颁发政府特殊津贴的290人；市级以上重点学科带头人36人；博士生导师155人，硕士生导师430人；200人次在国际学术机构及国内一、二级学术团体内担任要职。
凭借较强的科研竞争力，“九五”期间共获得各级纵向科研项目447项(国家级项目135项)，其中国家重点基础研究“973”项目3项，国家自然科学基金重大项目3.5项。学校还承担教育和社会科学研究项目67项，其中国家教育部“面向21世纪”项目6项。“九五”期间共获得省级以上科技成果奖199项，其中2000年度国家自然科学奖二等奖一项(一等奖空缺)，国家科技进步奖16项，国家发明奖1项。
学校有几十年的办学经验，历来具有“博采众长、勇于创新、严谨求实、注重质量”的传统和优势。具有临床医学教学条件优裕，临床医学教育和研究相结合；办学模式多元化、人才培养复合型、课程体系多样化、教学方法灵活、积极吸纳国内外先进的办学经验和教学理念的优势和特色。在国内，学校与复旦大学、上海交通大学等院校建立了校际教学协作关系，共同培养临床医学七年制和生物医学工程、公共事业管理学生。与中国科学院上海生命学院合作成立了健康研究中心，联合开展科学研究。在国际上，同法国、美国、日本、德国、比利时、波兰、荷兰等国的28所学校建立了校际联系，聘请了215位外国专家为名誉教授、顾问教授和客座教授，并与世界卫生组织、联合国人口基金会、香港华夏基金会、美国民间健康基金会有着广泛的合作。中法合作办学的临床医学七年制法文班，是中法两国政府的重点合作项目之一。学生在校以法语为第一外语，部分基础课程以法语授课。每年由法方派遣教授来校参与教学。经考核合格者被选送赴法国的医院，作为实习住院医师培训一年。
学校以临床医学教育师资力量强，临床教学条件优越而著称，拥有瑞金、仁济、新华、九院和宝钢等五所综合性附属医院，上海儿童医学中心一所专科性附属医院，核定总床位数4767张，另有经市教委和卫生局评估合格的15所教学医院，核定总床位数6197张。是全国附属医院、教学医院和床位数最多的医学院校。