重庆三峡医药高等专科学校于2006年2月经教育部批准设立，是在原重庆市万州卫生学校与重庆市万县中医药学校合并基础上组建而成。学校由重庆市人民政府举办，实行市区共建，以区为主的管理体制。

学校占地面积608亩，校舍面积31万平方米。学校于2005年在万州区五桥建成新校区，投入建设资金2亿元，占地面积520亩,校舍面积16万平方米，职工宿舍7万平方米，能满足8000学生的学习和生活，基本建成在我市高职高专学校居于前列的环境优美的校园。现有馆藏图书36万册，教学仪器设备总值3200万元，固定资产4.5亿元。

学校现有在校学生13000余人。在职职工556人，离退休职工194人。专任教师中正高级职称9人，副高职称121人，博士、硕士研究生72人，双师型教师占75%。有76名教师在省级以上学术团体任职。

学校实践教学体系完善，有直属附属医院2所。校内建有基础实验中心、护理实训中心、临床实训中心、针灸推拿实训中心和药学实训中心，校外与全国120余家二甲以上医院、大中型企业通过校企合作，订单培养等方式建立了创业就业基地。

近年来，学校承担国家级、市、区级科研项目26项，获得省部级科技奖励4项。在省级以上刊物公开发表论文521篇，编著出版学术专著和全国性教材57部(本)。学校建立“三峡中药研究所”，致力于三峡库区中药产业发展，濒危药材抢救，优质药材资源调查与保护开发，为中药产业发展做出了突出成绩，获得重庆市科技进步奖。

学校自1951年建校以来，秉承立足三峡，辐射周边，面向农村，服务基层的办学定位，以医学教育和卫生职业教育为主体，为三峡库区卫生人才培养，保障人民群众健康作出了较大贡献。特别是高专成立以来，始终把建设全国一流，西部领先的医药类高等专科学校作为奋斗目标，努力发扬传统医学与现代医学相结合的特色，紧贴农村基层和社会需求，打造优势专业品牌，中药、针灸推拿、骨伤、护理等专业在全市乃至全国有较大影响。目前开设有临床医学、中医学、中医骨伤、针灸推拿、护理、药学、医学检验技术、口腔医学技术等12个高职高专专业。五十多年来为三峡库区及周边区域培养了各级各类医药卫生人才7万余名，库区基层卫生单位80%的业务骨干为我校毕业生。

学校办学特色和办学成绩得到了社会各界的认可，是教育部、卫生部确定的“全国护理领域技能型紧缺人才培训基地”，卫生部、国家中医药管理局确定的“全国中医骨干培训基地”，“全国乡镇卫生院院长培训基地”，是“重庆市农村基层卫生人才继续教育培训基地”、“重庆市卫生职业技能鉴定站”、“三峡移民劳动技能培训基地”、“三峡中医药国际培训中心”。学校先后被国家中医药管理局、重庆市政府授予“职业教育工作先进集体”、“全国中医药科技工作先进集体”、“毕业生就业工作先进集体”、“最佳文明单位”。