学院的前身可追溯到1912年，著名爱国实业家、教育家张謇先生创办了南通纺织染传习所，次年定名为南通私立纺织专门学校。这所中国最早独立设置的纺织高校，曾先后经历了南通大学纺织科、南通学院纺织科等历史时期，至1952年在全国高校院系调整中迁往上海组建华东纺织工学院，即以后的中国纺织大学、现今的东华大学。

南通学院纺织科迁往上海以后，为了延续南通的纺织教育事业，1957年，由张謇先生创办的原大生一厂、大生二厂、大生三厂等纺织企业联合在南通学院纺织科旧址创建“南通纺织企业纺织专科学校”；1959年，该校更名为“南通纺织工业学校”，并隶属于江苏省纺织工业厅，这就是南通纺织职业技术学院的前身。经过40多年的变迁与发展，1999年8月，经教育部批准，南通纺织职业技术学院在南通纺织工业学校的坚实基础上宣告诞生。学校于1999年经教育部批准，独立升格为“南通纺织职业技术学院”。

2006年取得了全国高职高专人才培养工作水平评估优秀的成绩；

2007年被确定为江苏省示范性高职院校建设单位；

2008年被教育部、财政部确定为“国家示范性高等职业院校建设计划”立项建设院校；

2011年6月顺利通过国家验收成为国家示范性高职学院；

2014年，更名为江苏工程职业技术学院。

学院设有纺染工程学院、机电工程学院、商学院、艺术设计学院、服装设计学院、建筑工程学院、航空工程学院等7个二级学院和素质教学部。设置52个专业(方向)。

学院有专任教师388人，其中具有高级职称的教师约占33.76%，专任教师中具有硕士以上学位教师约占62.1%；“双师”素质教师比例达83.51%。45岁以下的青年专任教师中，具有研究生学历或硕士及以上学位的教师占65.89%，拥有国家级优秀教学团队1个、江苏省高等学校优秀教学团队2个、江苏省高等学校教学名师2人。此外，学院聘请企事业单位的专家、工程师、技术员、能工巧匠近300人作为兼职教师。

学院拥有国家示范性高职院校重点建设专业4个、中央财政支持“高等职业学校提升专业服务产业发展能力项目”专业2个、江苏省高等学校品牌特色专业10个(含建设点)、江苏省人力资源和社会保障厅“双证书试点”专业1个。学院现建有国家精品课程5门、江苏省高校精品课程5门、教育部高职高专教学指导委员会精品课程3门；入选江苏省高校精品教材10部。