海南医学院于1993年7月经国家教委批准建立。学校的办学历史可追溯到1948年创立的私立海南医学专科学校及建国后续办的海南大学医学部。1994年获准授予学士学位。1997年被国家教委确认为本科教学工作合格学校。2000年实现校本部的搬迁。2003年被国家教育部确定为联合培养硕士学位研究生单位。2004年起与北京大学联合招收硕士研究生。2006年被教育部评为本科教学工作水平良好高校。2006年开办留学生教育。

学校现占地面积661.7亩，分城西校区(主校区)和龙华校区(旧校区)。学校现有教职员工1871人，其中医教研专业技术人员1266人。专业技术人员中，正高85人，副高237余人。专任教师中博士54人，硕士276人，占专任教师的60.7%。学校设有临床学院、高等职业教育学院、国际教育学院、中医学院、基础医学部、外语部、体育部、人文社会科学部、信息技术部、药学系、预防医学系、护理学系、口腔医学系、检验医学系等14个二级教学单位；有教育系统省级重点学科2个、卫生系统省级重点学科4个、省级精品课程8门、省级重点课程3门、6个基础实验室、5个专业实验室、87个教研室；图书馆藏书(含电子资源)近70万册；设有直属附属医院1家，床位编制1008张，非直属附属医院2家，病床总数近2000余张，临床教学(实习)医院22家，开放病床数6893张,另有教学基地10个。学校2008年普通招生设3个学科门类共17个本科专业，分别是临床医学、医学影像学、康复治疗学、预防医学、口腔医学、医学检验、护理学、药学、中医学、中西医临床医学、针灸推拿学、劳动与社会保障(医疗保险方向)、生物技术(医药方向)、市场营销(医药营销方向)、中药学、应用心理学(医学心理学方向)、公共事业管理(卫生事业管理方向)，面向全国招生；具备招生资格的高职(专科)专业17个，包括临床医学、临床医学(社区医学方向)、医学检验技术、中医学、护理、医疗美容技术、口腔医学、药学、针灸推拿、助产、医学影像技术、眼视光技术、医学营养、卫生检验与检疫技术、医药营销、劳动与社会保障(医疗保险方向)、家政服务(医药卫生方向)；开设自学考试“专接本”护理学、药学及营养、食品与健康等3个专业。学校现有各类在校生10000余人，留学生100余人。2008年起高职(专科)学生由高等职业教育学院管理。