安徽医科大学前身是创办于1926年5月的上海东南医学院。1949年底响应中共中央华东局“面向农村，走向内地”的号召，内迁安徽省怀远县，成为安徽省第一所高等医科院校。1952年迁至省会合肥市现址，改名为安徽医学院。1996年6月经国家教委批准，更名为安徽医科大学。学校占地约70万平方米，建筑总面积约30余万平方米。建校以来，为社会培养了大批医学专业人才。

学校坚持规模、结构、质量、效益协调发展，教育质量不断提高。学校的办学定位是建设高水平的教学研究型医科大学。学校将现代著名教育家蔡元培先生为学校前身东南医学院毕业生的题词“好学力行，造就良医”，确立为校训，育人方针是“德智体美，全面发展；医德医术，至善求精”，育人理念是“兴国、仁爱、博学、求精”，育人途径是“人文与医学融通，传统与现代融会，好学与力行融合”，学校倡导践行“求真、求精、求新”的校风学风。

学校现有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院(安徽省口腔医院)、卫生管理学院、护理学院、药学院、人文社会科学学院、公共课程部、研究生学院、成人教育学院(继续教育学院)、临床医学院、第一临床学院(第一附属医院)、第二临床学院(第二附属医院)、省立临床学院(附属省立医院)、第三临床学院(合肥市第一人民医院)、附属安庆医院(安庆市立医院)、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系、皮肤病与性病学系共22个直属教学机构。

学校拥有第一附属医院、第二附属医院、附属省立医院、第三附属医院(合肥市第一人民医院)、第四附属医院、附属口腔医院(安徽省口腔医院)、附属安庆医院(安庆市立医院)等7家附属医院。学校坚持开放、合作、共赢的方针，与中国人民解放军军事医学科学院建立战略合作伙伴关系，并先后在解放军北京军区总医院、空军总医院、306医院、307医院、新疆自治区人民医院建立临床学院，目前临床学院达27家，教学医院32家，分布于全省各市及北京、上海、江苏、山东、浙江、广东、福建、新疆等省市区。

学校设有临床医学(七年制)和临床医学(五年制)、临床医学(临床病理)、临床医学(精神卫生)、中药学、卫生检验、口腔医学、预防医学、基础医学、生物技术、麻醉学、医学影像、医学检验、护理学、妇幼卫生、卫生事业管理、医疗保险、医药信息与计算机应用、全科医学、康复治疗学、医学心理学、临床药理学、药品监督与管理、药品营销、医事法学、食品质量与安全、医学美容共27个本科专业(方向)。拥有药理学、皮肤病与性病学、老年医学、流行病与卫生统计学、免疫学、内科学、神经病学、儿少卫生与妇幼保健学8个博士学位授权学科和64个硕士学位授权学科(含5个医学一级学科硕士点和人文学科硕士点)，具有临床医学专业硕士学位和公共卫生专业硕士(MPH)学位授予权。建立了药学、临床医学、公共卫生与预防医学3个博士后科研流动站。拥有皮肤病与性病学国家重点学科，药理学、老年医学、流行病与卫生统计学、病原生物学、外科学(普外)和内科学(消化系病)等19个省级重点学科；27个省级临床医学重点学科和重点扶持学科；建有教育部重要遗传病基因资源利用省部共建重点实验室、10个中央与地方共建实验室，8个省级以上重点实验室(工程技术中心)，安徽省医学实验动物中心，是国家药品临床研究基地。有2个安徽省科技创新团队，1个安徽省“115”科技产业创新团队。《流行病学》、《临床药理学》课程被评为国家级精品课程，预防医学、药学专业获批为国家级高等学校特色专业建设点，获得国家级教学成果奖一项。

学校在校生共16296人，其中博士生142人、硕士生1753人、普通本专科生14401人。另有成人教育学生6780人。学校获准招收港澳台地区本科生、研究生和外国留学生。

学校制定《关于进一步加强人才工作的实施意见》和《“十一五”和2020年师资队伍建设发展规划》，实施“四百人才工程”。现有在职教职医护员工4561人，专任教师队伍中具有博士、硕士学位的教师占61.15%，研究生导师队伍517人，有2人分别担任中华医学会皮肤性病专业委员会、中国药理学会临床药理专业委员会的主委，4人入选国家“百千万人才工程”第一、二层次人选，3人被确定为教育部骨干教师，2人被评为卫生部突出贡献中青年专家，2人获聘“皖江学者”特聘教授，5人入选教育部高校医药学科指导委员会专家，106人获评为省学术和技术带头人后备人选、省卫生系统学术技术带头人，12人入选省高校学科省高校学科拔尖人才，29人获选省高校优秀中青年骨干教师，201人享受国务院及省政府特殊津贴，10多人获得全国、全省模范教师、优秀教师光荣称号。学校组建“海外兵团”，广泛吸引高层次人才。学校是全省人才工作先进单位。

学校藏书74万余册，中外文印刷期刊及网络电子版期刊30余万册，为全国生物医学文献资源共享网络安徽省级中心馆。

学校成立了临床药理、生物医学、老年病、立体定向神经外科、心血管病、肿瘤防治、皮肤病、基础医学、预防医学、临床医学、口腔医学、卫生事业管理、医学哲学等46个省、校级研究所。编辑出版的国家级及面向全国发行的期刊有《安徽医科大学学报》、《中国药理学通报》、《临床与实验病理学杂志》、《疾病控制杂志》等15种。学校共承担“863”、“973”计划、国家科技支撑计划和国家自然科学基金项目等93项。国家自然科学基金立项数近年来保持省属高校领先地位。共获得省级以上科技奖励60项，2005、2006年连续两年获得中华医学科技奖一等奖。2007年，获国家科技进步二等奖、教育部高校科学技术奖各一项。

学校与欧、美地区和国家的一批著名高校建立了密切的校际关系，组建博导访问团分别赴美国、欧洲访问考察，每年派出近100人到国外留学、研修和参加学术交流，同时邀请大批外国专家、学者来校讲学，加强与国外高校、科研院所的合作交流。参加国际、国内高层次学术会议，先后承办全国皮肤科年会、中华医学科技成果奖终审会等大型会议。开展国际科技合作，积极参加欧盟第六次框架合作项目、中美艾十字项目，与荷兰皇家科学院脑研究所合作成立了安徽省老年病研究所，与日本JICA集团合作培训全省市、县卫生局局长和医院院长，与德国奥斯纳布吕克应用科学大学合作成立中德卫生管理培训中心等。